El IIIER tiene como objetivos principales: realizar investigación, desarrollo, innovación y transferencia de tecnologías basadas en fuentes renovables de energía; formar especialistas de alto nivel en el área de las energías renovables capaces de resolver las problemáticas locales y regionales con énfasis en el desarrollo sustentable; gestionar y ofrecer servicios de: consultoría, certificación, esquemas de gestión, parámetros de normatividad en procesos y equipos relacionados con el aprovechamiento de las fuentes renovables, ahorro y uso eficiente de energía a los sectores productivo y social público y privado; atender a través de investigación aplicada, los problemas energéticos de los municipios con menor Índice de Desarrollo Humano (IDH) de Chiapas, así como los sectores residencial, comercial, industrial y agropecuario de la región. Para ello, tiene tres líneas de investigación que son: 1) Desarrollo de Materiales para Aplicaciones Energéticas Renovables, 2) Modelación y Optimización de Materiales, Procesos y Sistemas Energéticos Renovables, 3) Desarrollo de Sistemas Energéticos Renovables.

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